青屿干线通车初期曾经有车辆因为驶过毋须收费的收费亭，而有所犹豫，造成20多宗交通意外。运输署跟警方研究后，认为让车辆驶过不用收费的收费亭有道路安全风险，因此余下未进行加装的行车线要进行工程时，便要採用双向收费安排。