中日关系的发展深受国际形势与战略格局的影响，同时也具有中日两国本身内在影响因素。在中日关系发展的进程中存在着台湾问题、历史认识问题、传统安全问题，而核污染水排海问题尽管与上述三个制约中日关系的问题属性不同，但其内在属性涉及传统安全领域的核安全问题以及非传统安全问题的海洋安全、食品安全、生态安全等领域，对于中日关系的负面影响客观存在。这将使影响甚至制约中日关系发展的因素增多、领域拓宽，加之因核污染水排海问题导致的中国国民对日本政府的信任度进一步下滑，使本就缺乏互信的两国国民乃至政府间的相互认知意愿降低与心理隔阂程度加大，两国政府政策相互作用的回旋余地持续缩小，这从中长期来看，无疑不利于“构建契合新时代要求的建设性、稳定的中日关系”基本发展诉求。