除了感染人数激增外，部分医疗机构此前过度囤购药品、此前多家日本药企出现造假丑闻也影响了药品供应链的稳定，造成了日本各类流感药品库存分布不均，加剧了药品短缺。
自1月起当地许多医院的感冒药已宣布告急，许多医院不得不建议轻症患者不要前往医院，避免挤占医疗资源和在医院感染其他病毒。